自然保護區評價的主要目的在于，一方面，為新建的自然保護區選擇地點及確定其分類性質和所屬級別，尋找客觀的根據和標準，比如通過評價判斷其適合建立哪種類型的自然保護區；另一方面是加強對已建好自然保護區的監督與檢查，提高建設質量和管理水平。

　　一般而言，對自然保護區的評價可從生態學、經濟學和保護區本身有效管理水平來進行。
　　生態評價主要包括:
　　1.生物物種的評價。2.生物群落評價。3.生態系統和自然保護區的評價。
　　經濟評價主要包括:1.水資源。多數保護區在涵養水源方面具有重要作用，包括直接用于飲水、灌溉、發電、發展漁業、工業和免受水旱災害影響造成的損失與維護水利設施的作用。因此，可通過計算保護區內可能貯存多少水量和可利用數量評價其實際價值。2.物種及其基因資源。自然保護區是物種及其基因資源的寶庫，有許多種類可能在食用、藥用、工農業原料、遺傳材料和美化環境等方面有著巨大的潛在作用。3.生態功能效益。表現在區域氣候調節、水源涵養、水土保持、旅游資源等方面。4.科研、文化和教育。自然保護區大多是科研、教育和文化創作的基地。
　　保護區有效管理水平評價主要包括:1.管理條件的評價。2.管理措施的評價。3.科研基礎評價。